并且，在这些密室之中，有着不为人知的秘密，并且不止一个。据考古学家分析，在这个密室之中，藏有的尸骨很有可能属于埃及艳后，也就是古埃及最美艳王后——娜芙蒂蒂。
同时雷达扫描显示，在位于卢克索的图坦卡蒙墓中还有两处疑似墓室的房间未被打开。埃及的文物部长Mamdouh el-Damaty表示，这里极有可能保有这位少年帝王的重要遗存。
而神秘墓室的主人极有可能是有古埃及最美王后之称的娜芙蒂蒂，传说她拥有令人惊艳的绝世美貌，也是古埃及中最有权力与地位的女性。
部分学者认为很有可能图坦卡蒙父亲的正牌妻子，至今其木乃伊仍未被发现的娜芙蒂蒂就葬在其中一间房间。如果推测正确，这座由英国考古学家霍华德卡特发现的著名陵寝的真正主人就将变成娜芙蒂蒂王后。
亚利桑那大学的埃及研究学者Nicholas Reeves对陵墓进行了高分辨率的扫描成像，模型显示在墓室的两处墙壁壁画下分别隐藏着与地面平行的密道。
除了疑似葬有娜芙蒂蒂的墓室外，另一间有可能是陪葬品储藏室。他认为，已发现的图坦卡蒙墓不过是娜芙蒂蒂陵墓的前厅，王后的墓室被故意隐藏在过于繁复的宗教壁画之下，以防被人发现。这也许能解释图坦卡蒙墓比其他法老墓规模更小以及陪葬品中有大量非专门定制的“二手货”的原因。
埃及的传奇王后娜芙蒂蒂曾和法老丈夫阿肯那顿共同建立起古埃及的太阳神崇拜，在阿肯那顿死后的一顿时间内，她极有可能与少年图坦卡蒙共同执政甚至直接以女法老的身份统治埃及。
考古学家普遍认为娜芙蒂蒂并非图坦卡蒙生母，2010年的DNA测试显示在图坦卡蒙墓室内发现的两具女性木乃伊中，被称为“年轻女士”的一具应该就是图坦卡蒙早亡的生母，阿肯那顿的侧室基亚，同时她也是阿肯那顿的亲妹妹。
但也有专家认为这两处秘密房间应属于在位仅三年的法老斯蒙卡拉或者图坦卡蒙的姐姐梅莉塔提。
图坦卡蒙墓因保存完好，以在3000年时光中从未被盗而成名。从中发掘到近五千件珍贵的陪葬品，包括闻名天下的图坦卡蒙黄金面具，如今这幅黄金面具已经成为埃及博物馆古埃及展区的标志。
1922年图坦卡蒙墓的发现引起了西方世界的轰动，当时的考古队在发掘过程中留下了2800多套珍贵的黑白底片。而最早进入坟墓的考古人员的离奇死亡也为其蒙上了“法老诅咒”的神秘色彩。这位法老死时只有19岁，此前考古学界普遍认为其突然死亡是陵寝较小且准备仓促的原因。
