张天保他们被郑军包围了起来，就要不敌，这时桓法嗣和九斤也赶来了。师兄弟几个现在已经不同以往，功夫大有精进，再加上面对的又是自己的仇人，下手自是不留情。一帮人经过一番苦斗竟然冲出了包围，救出了张天永。
王仁则本要杀进少林寺去，但王玉凤还被少林寺关住了。王仁则派黑豹带人潜进少林寺去设法救了公主，自己再带兵进攻少林寺。
救醒了张天永，得知王玉凤竟然被关在少林寺里，张天永就要去救他。夜晚黑豹带人潜入少林寺中，看守的道广不敌他们，这时张天永杀出，看到这个偷袭了自己的黑豹，张天永心中升起一团怒火。张天保趁乱打开柴房的门，放走了王玉凤。黑豹那是他的对手，张天永打倒了黑豹，冲进柴房就要去营救公主，不料公主已经不见了。这时黑豹临死之前还是发出了讯号。
在后门处张天保送王玉凤走，桓法嗣带人追上来就要拿下公主，方丈赶到，少林寺乃是出家人，不愿为难公主，更不能那她作为人质来自保。王玉凤感动自愿留下来为少林寺解围。方丈不愿坏了少林寺的声誉谢绝了她的好意。王玉凤只好离开。
王仁则带兵朝少林寺发射飞天火石，少林寺已经一片火海，方丈让弟子们赶快从后门逃走，去洛阳寻找昙宗，帮助师父昙宗去。王仁则攻进寺里一番厮杀，把少林寺众僧屠杀殆尽。方丈和僧值也自焚身亡。只有张天保、九斤他们六人逃了出来。
昙宗他们来到洛阳城，闯进天牢中寻找李世民。王世充得到消息，昙宗师徒已经进入天牢，随即派铁虎带兵包围天牢，务必要把昙宗消灭在天牢中。
王玉凤看到少林寺被毁，很心痛。王仁则要带她回去，王玉凤一把抓起一把刀就要自尽。
少林寺传奇之十三棍僧分集剧情介绍 第45集看到自己的父亲现在变成了一个暴君，天下大乱，民不聊生。王玉凤不愿回去，带着杏儿走了。路经尼庵，梵音声声。想到自己的父亲残暴不仁，杀害忠良。害得天下百姓妻离子散，流离失所。堂兄更是残忍的焚寺屠僧。自己心爱的人也遁入空门……想起过去的种种，决定遁入空门，出家为尼，为死者超度，希望可以藉此帮助自己的父亲消除一分冤孽，减去一分罪行。
昙宗他们救得李世民就赶快带领徒弟们离开。走进天牢夹道，铁虎已经带领士兵包围了他们，在天牢夹道两头滚动的刀车已经把他们夹在中间。昙宗让僧满保护李世民，带领众弟子用达摩棍击退了这一轮的攻击。接着郑军又结成盾阵，昙宗师徒利用千斤坠压垮了盾阵。但是他们还是陷入了重重包围。
张天保等人已经来到洛阳城外，眼看城中百姓都往城外逃难，得知师父已经攻进天牢中去了，众人不敢怠慢。昙宗师徒打出天牢大门，铁虎带兵正在这里等着，众僧一边保护李世民，一边施展少林棍法抵挡军队的攻击。这时张天保、九斤等人赶到，十三棍僧聚齐，铁虎被九斤一棍顶到了官兵的枪阵上去，当场毙命。
到了城门口正遇到了班师回朝的王仁则，又自是一番好打。众徒弟用师父所教的罗汉奇门棍阵和王仁则打斗，王仁则不敌棍阵。
王世充在身边还训练了十三妖僧来专门对抗昙宗，又发现身边的另一个高手，就是当初在废墟山庄的画匠，画匠曾被王世充救过一命，一直隐藏在他身边希望报恩。得知铁虎已死，李世民被昙宗救出，王世充带兵赶到城门口去营救王仁则，唐军大军已经到了洛阳城下，王世充赶快命人关上城门。王仁则看回城无望，决定垂死挣扎。
少林寺传奇之十三棍僧分集剧情介绍 第46集(大结局)程咬金冲上前去，李世民来不及阻止，程咬金就一斧劈了王仁则。王世充看到侄儿被杀心痛不已。威胁李世民若敢攻城就一把火烧了洛阳城，让全城百姓给自己陪葬。李世民怕王世充真的恼羞成怒，玉石俱焚。不敢贸然进攻正和众将领商议对策，这时昙宗大师请愿，愿进洛阳城劝说王世充放下屠刀。
昙宗师徒来到皇宫，众弟子都和王世充有深仇大恨，但是为了洛阳的数万黎民百姓，都愿意饶恕王世充的罪过。昙宗劝王世充放弃抵抗，只此一件事就足以救得数万苍生，抵去罪孽，并保证王世充的安全。王世充也深知自己败局已定，让昙宗师徒先走，自己要想想才能答复。
昙宗师徒走出大殿，突然从四面八方冲出数千郑军把他们包围起来。十三棍僧施展罗汉奇门棍阵，打退郑军的攻击。这时候画匠出现，画匠、昙宗和王世充乃是当今武林的三大高手。画匠更是熟悉少林功夫，众弟子们都不是他的对手，高手对决，胜负只在毫厘之间。昙宗不愿伤害他的性命，只是把他打伤，画匠落败自杀身亡。接着王世充训练的十三妖僧出现。妖僧练就的是邪门武功，浑身上下犹如铜皮铁骨一样。功夫路数也是学的少林功夫，弟子们都敌他们不过，被纷纷打伤。昙宗发现他们功夫的命门在眼睛上，这样才破了他们的功夫。
王世充眼看手下这些训练的妖僧都被打败了，自己提刀上前全给杀了。王世充武功高强，昙宗和众弟子们都被他打伤了。经过一番艰难的打斗，昙宗用少林绝学打败了王世充。这才带领弟子们走了。
李世民抓住王世充将他押回长安去了。李世民要封昙宗为大将军，随军征讨叛逆。昙宗拒绝了李世民的好意带着弟子们回到少林寺重整寺院，诵经礼佛，振兴少林武学。（少林寺传奇之十三棍僧完）
